使用活疫苗时，活疫苗中的主要抗原成分都是活的细菌、病毒（失去致病性但保留免疫原性和繁衍能力）等，它们注入肌体后仍需要有一个再增殖的刺激肌体产生抗体的过程，在这个过程中若使用了抗细菌、抗病毒或抗寄生虫等药物后，就会使注入体内的抗原再增殖受到明显的影响甚至破坏，最终导致活疫苗刺激肌体产生抗体的能力显著受挫，造成免疫失败。在用苗前至少5天和后3~5天就应该终止使用该类药物，停药的时间越长越好。
在使用病毒类活疫苗时，也应当避免在活疫苗和稀释液中加入对病毒有直接杀伤力的药物。在接种疫苗时，也不可在其稀释液中加入其它药物。加入的药虽然对疫苗中的抗原成分没有直接的杀伤力，但会改变稀释液的渗透压pH值等理化性质，从而导致疫苗毒的抗原性和效价降低。
就使用灭活疫苗而言，由于灭活疫苗中的抗原部分（细菌、病毒等）已经被人工灭活，注入鸡体后不存在抗原再增殖的过程。相对于活疫苗而言，抗菌药使用对灭活疫苗几乎没有太大的损伤力，但雏鸡也承受注射刺激导致应激，会干扰抗原呈现，引起抗免疫造成免疫器官的发育迟缓、萎缩、免疫细胞数量下降，可能出现免疫抑制。
使用微生态制剂而言，药物进入肌体后仍需要定植和增殖的过程（基本都是活菌），抗菌药物的使用不但会明显影响有益微生物的定植和增殖，而且对这些有益微生物具有直接的杀伤力。因此，在添加使用微生态制剂时，绝不能同时使用抗菌药物，且停药的时间越长越好。
雏鸡防疫时，可以选择补虚类的中药制剂发挥中药特点。如黄芪多糖口服液，口服液有黄芪、当归气血双补，增长药效。中药不但能够在防疫时减少应激影响并促进雏鸡免疫器官的发育让雏鸡呈现活力，而且通过旁路途径、MBL激活途径激活补体，增强淋巴细胞的对疫苗处理和递呈能力，加快抗体的产生，提高抗体水平。使用这类中药无需停药，多重途径作用机体更不会影响疫苗抗原的应答效果。
但并非所有中药都有上述效果，甚至出现免疫抑制，如清热解毒的中药，祛风湿的中药，这些中药具有抗炎，解热的作用，能够抑制疫苗抗原对机体正常的刺激，影响机体产生正常的免疫应答。因此，在免疫期，不能使用清热解毒的中药，建议使用温补性中药，以复方中药最好。
在此阶段合理选药很重要，抗菌药物等的杀伤性和刺激性伤害鸡体和破坏疫苗效果，只有选对了中药才能保雏鸡健康，又能保证疫苗的使用效果。?
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