此技术的简要过程为:首先使支持物羟基化,并利用光敏保护基保护核苷酸的5′羟基,光照射使之脱保护,DNA的合成只发生在脱去保护基的地方,光照的区域即为合成的区域,合成过程可由一系列光刻掩膜或面具(mask)控制。这样,光通过光刻掩膜照射到支持物上,受光部位的羟基解保护,进而与单体分子共价结合,发生偶联的部位反应后仍旧带有光敏保护基团。
光引导原位合成技术的主要优点是合成效率高,电阵密度高。可以用很少的步骤合成大量的探针阵列,并且密度可达每平方厘米100万个探针。
缺点是设备昂贵,技术复杂,反应产率低。即,这种制备方法需要预先设计,制造一系列面具,造价较高,且制造过程中采用了光脱保护方法,面具孔径较小时会发生光衍射现象,制约了寡核苷酸密度的提高;同时光脱保护不彻底,每步产率只有92~94% ,只能合成30nt左右的寡核苷酸。在此基础上,McGall将光引导合成技术与半导体工业所用的光敏抗蚀技术结合,以酸作为脱保护剂,解决了光衍射的难题,提高了芯片的密度,并使产率提高到99% ,但制造工艺复杂程度增加了许多。。
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