中医和中兽医学中的五脏并不排斥解剖结构，但不局限于某一个或几个器官，而是对许多有形或无形的系统进行综合，在古代五行哲学影响下，形成了“五脏”的构架。肺即是这种五脏构架中的一个系统，或称“肺系”。肺是“肺系”的主体；除肺之外，“肺系”还包括鼻、喉、皮毛等。
肺司呼吸的结构基础是“表”。“表”，即是人或动物体内外交接之处。按照现代解剖结构来看，气体交换是在肺泡膜(又称呼吸表面)上进行的。肺泡之空腔与体外之空间通连一体，
故肺实通于天。所以，有人把肺视为“凹进去的表面”。由此推及，人或动物体皮肤表面与肺内之表是相应的，皮肤表面也有呼吸功能。某些低等生物，尤其是两栖类动物，其皮肤的呼吸功能是不可缺少的。初生婴儿的皮肤仍具有明显的呼吸功能，随着成长，此功能才逐渐隐退下去。皮为肺之合，毛为肺之华，这是肺主卫表在结构理论上的对应关系。《血证论》说：“太阳之气，外主皮毛，内合于肺。”又说：“皮毛者肺之合也，故凡肤表受邪，皆属于肺。”《司牧安骥集·马师皇八邪论》说：“皮毛肺之合也。风邪先舍于皮毛，久舍于所合。”这是按脏腑辨证而言。
就肺而言，居胸中，分为两叶，覆盖于心之上，自古至今几乎没有疑义。因此，肺在中医学和西医学中是概念最为接近的内脏器官。《司牧安骥集·碎金五脏论》说，肺“色似莲花伞盖形”： 《司牧安骥集·马师皇五脏论》说：“肺为华盖心上存。”肺向上有气道通于喉，清浊之气经喉由口鼻出入。故云：“肺开窍于鼻”，“肺气通于鼻”。《医贯》云：“喉下为肺，两叶白莹，谓之华盖，以覆诸脏。虚如蜂窠，下无透窍。故吸之则满，呼之则虚。”
由于“吸之则满”，大气鼓舞，使肺舒张而满于胸中。《司牧安骥集·王良先师天地五脏论 》中的“肺为气海”，就形象地说明了肺脏充满气的状态。《医学衷中参西录》云：“盖肺悬于胸中，必赖大气以包举之。”所以，大气若虚，不仅上不能鼓喉以发声，且下不能举肺而必致萎弱。
除了呼吸的气道之外，肺似别无透窍。正因为别无透窍，气无从泄，方能举肺。但是，另有血脉出入于肺，以通心脏，以达周身。只有这样，清气才能摄入血脉以营养全身，浊气也才能透出肺表而呼出口鼻。
2、通调水道
“通”是宣通、疏通，“调”是调节。“通调”二字表明，肺只是“通调”了水道，津液的运行需要气的推动，而气推动津液运行，取决于气机是否调畅。由于肺为气之本，是肺提供了推动津液运行的动力；同时肺呼吸的正常，是机体气升降出入平衡畅达的前提条件，肺又主宣发肃降，对水液的运行方向发挥着特有的引导作用，归纳起来，就是肺气提供了津液运行的动力，引导了水液运行的方向，总合起来，就是“通调”。
何谓“水道”?有人说，水道是水液运行之通道。但“水液运行之通道”又是什么呢?有人认为，“水道”其实就是三焦。理由有四：(1)《内经》中明确指出三焦为水道。如《素问·灵兰秘典论》云：“三焦者，决渎之官，水道出焉”，而对其他任何脏腑器官都未曾使用过“水道”的称法；(2)三焦本来就是一个管道系统，一方面通行元气，另一方面通行水液；(3)三焦的实质，是人体脏腑组织(包括皮毛腠理)间或大或小的间隙结构，这在客观上造就了水液运行的形态基础；肺主宣发，能将水液外输于皮毛，又主肃降，能将水液节节向下传送，唯有通过上述间隙结构才能进行；(4)三焦际上达下，上与肺连，下与肾通，故元气由肾而经三焦上达于肺以转化为大气；水液则由肺而经三焦下行于肾以归于分清泌浊。于是，在给“通调水道”释义时，就引出了一个肺与三焦的特殊生理关系，同时还经三焦把肺与肾紧密地联系起来，形成了水液代谢系统。
由于肺主通调水道，而位居极上，故又有“肺为水之上源”的说法。人或动物体津液来源有三，一在上，一在中，一在下。津液之下源在肾，为固守之关；津液之中源在脾，为初生之祖；津液之上源在肺，为敷布之泉。津液者水类，其性本润下，故唯有至高，方能自然下降，而普滋一身。故《血证论》云：“肺为华盖，肺中常有津液，则肺叶腴（yu 鱼） 润，覆垂向下，将气敛抑，使其气下行，气下则津液随之而降。是以水津四布，水道通调，肝气不逆，肾气不浮，自无咳嗽之病矣。”
另外，“肺为水之上源”还表达了肾与膀胱对肺的依赖关系。水液既然是从肺经三焦而下行，则肺的生理功能正常与否，势必影响肾与膀胱之气化。故《司牧安骥集·碎金五脏论》说肺“通连水脏”。若肺气失于肃降，水液不得下行，滞留于上，则下为小便不利而上为面目浮肿。中医、中兽医临床上均有“提壶揭盖治尿闭”《血证论》说：“小便虽出于膀胱，而实则肺为水之上源。上源清，则下源自清。”反之，若下焦气化不利，肾与膀胱失职，则水液停滞，甚至上迫于肺而致呼吸不利、喘促，医家谓之“水泛高原”。