近年来，我市农业环保工作成效显著，实现了农业资源的可持续利用，加大农业面源污染治理力度, 保护农业生态环境，走农业清洁生产，循环农业的道路。
实施了第一次全国农业污染源普查。基本上查清了我市种植业、水产养殖业、畜禽养殖方面的基本情况，建立健全调查档案、信息数据库和数据统计平台。摸清了张掖市农业污染底数，为农业环境保护、防治面源污染、促进农村节能减排、新农村建设、乡村清洁工程等提供基础数据和决策依据，同时为优化农业产业结构，科学制定农业和农村经济发展规划创造有利条件。今年又迎来了第二次全国农业污染源普查，将极大地推动农业面源污染防治工作。开展了农田重金属普查取样2203个，为治理修复提供依据。加大外来入侵生物防控。近年来实现了化肥农药零增长计划，减轻了化肥农药带来的污染，达到了“一控二减三基本的目标”。
加大农业面源污染治理力度。近年来中央财政投资我市1845万元建立4家废旧地膜回收加工企业；国家在我市实施了3000万元的《祁连山（黑河流域）山水林田湖生态保护修复工程农田废旧地膜清除回收奖补项目》、开展了3199万元的废旧地膜“以旧换新”工作；甘肃省自2011年开始8年来支持我市专项资金1249万元开展废旧地膜治理工作，开展了地膜“以旧换新”，建立了专业化回收网点，开展了可降解地膜试验。2017年废旧地膜回收利用率达80.6%。按照“减量化、资源化、再利用”的循环经济理念，加快推进蔬菜产业清洁生产和尾菜综合利用。省上自2012年以来7年来投专项资金653万元，推广操作简便、成本低的尾菜半坑堆沤技术，推广尾菜直接还田、饲喂过腹还田等技术措施，尾菜利处理利用率达到43.0%。加强秸秆禁烧工作宣传，引导农户实施秸秆还田、饲喂牲畜过腹还田，栽培食用菌，秸秆资源化利用率达到85.06%。
大力发展循环农业，走可持续发展的道路。2009年12月24日,国务院正式批复了我国第一个由省份提出的区域循环经济发展规划《甘肃省循环经济总体规划》，这标志着我省循环经济发展步入了一个有序良性发展阶段。我市依托绿洲现代农业试验示范区建设，形成了“制种玉米种植—农作物秸杆—生态养殖—屠宰加工（乳制品生产）—粪污物制沼气—废弃物生产有机肥—还田”的典型农业循环经济示范和农业高效节水示范；依托资源优势，通过面上带动、链上延伸和点上培育，全力打造农畜产品精深加工和资源综合利用产业链，打造农副产品加工循环经济基地，探索形成了具有张掖特色的“100万亩玉米制种、3800万亩草原、60万亩人工草地→350万吨饲草→100万头肉牛养殖→大中型沼气池→沼渣沼液→设施农业”的生态循环发展模式。主要有玉米制种—养牛—粪尿还田模式、玉米制种—玉米芯生产糠醛—糠醛渣还田改良盐碱地模式、玉米制种—养牛—沼气—沼渣沼液还田模式、基质—食用菌—菌渣还田模式、“有年”模式等。我市抓住这一大好发展循环农业的机遇，积极调整农业生产发展方式，实现农业循环可持续发展，建立起了具有张掖特色的绿洲循环经济发展模式。