长期以来，我国种猪产业滞后于生猪产业发展需要，高端需求依赖于国外，处于“引种退化再引种再退化”的不良循环。为此，项目组自1997年开始组织国内种猪育种主要技术力量，持续开展协作研发攻关，结合我国种猪育种实际研发了6项种猪联合育种关键技术，获得5项软件著作权登记，研制了11项国家和农业行业标准，建立了具有自主知识产权的国家和区域性种猪遗传评估系统，在全国范围内开展种猪联合育种工作，培育了1个国家审定的新品种（配套系）、2个省级审定的新品系，实现了我国种猪育种技术革命性的转变。技术内容包括：
① 基于现代BLUP动物模型，研究开发了适合我国种猪育种实际的遗传评估系统，确定遗传参数估计模型，采用最先进的DF-REML 法进行参数估计。技术综合集成形成了《全国生猪遗传改良计划（2009-2020年）》及其实施方案，由农业部正式颁发为我国种猪选育的标准化方法，在全国范围内推广应用。
② 采用网络拓扑结构，建立了开放、共享的种猪联合育种网络系统（2009SHBJ5417）、种猪联合育种服务网软件（2009SR10690）实现海量数据存储、交换、育种值实时计算，创建了国家种猪遗传评估中心与华南、西南、华东、华北等4个区域性遗传评估中心，共同组成国家种猪遗传评估系统，目前国家种猪育种数据库登记了424万头种猪，生长和繁殖记录达81万头和67万头。华南区种猪育种数据库共积累系谱完整、繁殖性能记录185万条，生长性能数据77万条。
③ 规范了日增重、膘厚、总产仔数等的性能测定技术，由农业部颁发为我国种猪性能测定的标准化技术，完成了3825 头种公猪中心测定，37家国家生猪核心种猪场55万头种猪场内测定。基于链表技术优化了近交系数计算，阐明了群间平均遗传协方差为度量遗传联系的最佳指标，平均遗传联系率超1%是开展联合育种的最低要求。推动了种猪跨场间遗传交流，部分区域场间遗传联系率超3%。建立了适合我国需要的系谱溯源、种猪遗传趋势分析、场内种猪测定与选育效果评估等种猪遗传评估质量控制方法。
④ 采用高通量基因检测技术检测HAL、ESR等基因，数量2万多头；采用单体型标记辅助选种选配系统（2009SR08213）与基因组多区域单体型联合分析软件（2009SR07478）。优化了标记信息与遗传评估结合方案，培育了天府肉猪配套系（农01新品种证字第19号）、白石龙骏大白、龙骏杜洛克种猪等新品系和配套系。
⑤ 完成了《杜洛克猪种猪》等4项国家标准，《种猪登记技术规范》等7项农业行业标准的研制，占我国颁布的种猪产业共性技术标准80%以上。获5项软件著作权登记，发表研究论文105篇。统计近五年来，在全国组织开展200多次技术培训，人数4万多人次，通过种猪生产性能测定培训，有951名来自全国20多个省市的种猪场育种技术人员获农业部职业技能鉴定证书。举办国际、全国及区域性学术研讨会80多次。
项目研发的种猪遗传评估与联合育种技术已成为我国种猪育种的标准化技术，是长期支撑我国种猪产业的核心技术平台，自研发到成果推广已成为我国种猪产业政产学研长期合作典范，应用前景十分广阔。仅统计近三年在37家国家核心种猪场、120家联合育种协作组成员单位的推广应用，累计新增产值385亿元，新增利税64.5亿元，增收节支486亿元。
