卫生条件差，采精过程动作不规范，造成精液受到细菌、灰尘污染的现象普遍存在，从而影响了精液的保存时间和受胎率。因此，对精液生产过程进行卫生控制包括以下几点。
每天定时打扫猪舍卫生，训练种公猪吃食、睡觉和排泄三点定位，使种公猪保持良好的生活环境。
保持食槽的清洁，食槽至少每周用高压清洗机清洗一次。
每次饲喂前检查饲料的质量发现发霉变质的饲料要进行销毁，不得饲喂种公猪。
及时清扫猪圈内的粪便和尿液，减少公猪身体和包皮污染的机会。
定期对公猪进行刷拭猪体，清除种公猪身上的灰尘和皮屑。
每周对猪舍进行带猪消毒2次，采用广普高效消毒药物如百菌消-30、灭毒威、消毒威、过氧乙酸等，按照使用说明书上规定的消毒浓度配备，消毒前混合均匀，消毒液用量要保证0.3升/平方米，定期更换消毒液。采精室要做到清洁、干燥，地面没有异物。
采精室顶棚采用铝扣板或塑钢板材，减少灰尘落上，并且每周清扫1次。假台畜每天采精完毕要进行消毒处理。采精人员头戴卫生帽子，防止头发和皮屑脱落污染精液。采精前及时挤掉包皮积尿，清水清洗包皮后用卫生纸把包皮彻底擦干净。采精员采精时必须带手套，防止精液交叉污染，同时采精员必须定期修剪指甲，防止指甲过长划破手套污染精液。采精过程中前段精液和末段精液不要收集，前段精液可能会混有少量尿液，后段精液胶状物含量多并且精子含量少，不宜收集。精液采集后把采精袋扎好并立即盖上保温杯盖子。
每天定时清扫实验室，尽量减少实验室的地面、台面、墙面和顶棚尘土。精液稀释人员进入实验室必须更换工作服和鞋帽。每次用完采精杯、稀释杯、玻璃棒和稀释粉瓶要进行彻底清洗，清洗后用双蒸水润洗两次，然后进行高压或者干烤消毒(根据仪器的性质)。精液稀释必须用双蒸水或者去离子水进行，并且双蒸水和去离子水的保存期不能超过1个月。
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