在两个不同品种(系)杂交所产生的一代杂种母猪中，选择繁殖性能优良的个体，与第三个品种(系)的公猪交配，即得到三品种(系)杂交后代。第一次杂交所用品种的公猪称为第一父本，第二次杂交所用公猪称为第二父本。三品种(系)杂种应全部用作商品猪育肥，三元杂交方式在我国已经成为主要的商品猪生产模式。
优点：三元杂交效果明显好于二元杂交。能充分利用杂交母本在生活力与繁殖力上所表现出的杂种优势，同时充分体现出父本的某些有效经济形状(如饲料报酬高、瘦肉率高等)，从而获得经济价值更高的商品育肥猪。
缺点：需要饲养三个纯种(系)，制种较复杂且时间较长。
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