1 育种工作的理解问题
对于猪的育种工作，我国过分强调新品种的育成，我国的猪育种工作者经常遭到领导的批评和置疑，很多人都抱怨，中国有很多育种专家，却没有育成很好的猪品种。育成一个新品种是一个非常漫长的过程，虽然无法与作物相比，我国经过审定的配套系、品种，在近30年来，也有几十个，数量上远远高于养猪业发达国家。在这种片面理解的情况下，我国猪育种的基础性工作没有跟上，也造成了审定→获奖→退化→消失。而实际上，对引入品种的选育提高、对地方资源特性的研究、各种杂交组合筛选、稳定的性能测定等也是非常重要的育种工作。“育种就是从遗传上改良，并使其经济效益实现最大化”，不一定非要追求一个新的品种的育成。由于引进品种的冲击，而且缺乏与市场直接联系的经济实体，培育品种未获得相应的经济回报，同时，由于经费限制，其推广利用工作不够，在繁育体系整个框架中的地位没有很好确定，致使我国育种工作者的大量辛苦工作却没有反映到市场上来。
2 联合育种基础问题
我国开展猪联合育种已有十多年，总体上来说，我们做了大量的前期工作，成立了相关的育种组织，建立了全国性的种猪遗传评估网络体系。近年来，养猪界对联合育种寄予极大的关注，猪育种工作者、种猪企业都认识到联合育种的重要性，也就是猪联合育种从意识观念上、选育技术上逐步趋于成熟，但联合育种的四大基础：种猪登记、客观性能测定、遗传联系和跨场选择仍没有很好解决，也就是联合育种的基础不稳，致使联合育种仍然停留在计划上，实际效果差。
目前联合育种急需解决的是组织管理问题，而不是技术问题。在形式上，应该首先选择猪种类型相似的场，在一个区域先形成联合育种中心，然后再由不同区域的中心组成全国的联合育种体系，目前的全国联合育种效果不理想，也与区域中心没有形成有关。我国的引进品种来源复杂，形成了不同特点的品系，选育重点、选育方向有所不同，目前全国的遗传评估方案不能适应所有的品系，也使许多企业对联合育种积极性不高，单一的全国性联合育种无法满足多样性的要求，因此，有专家认为全国性的联合育种工作不适应我国的国情，但在一定区域，品种类型相同的种猪企业实施联合育种是提高我国猪育种效率的有效途径。
联合育种需要有专门的机构、人员，需要当地行业主管部门的参与支持，目前这一工作几乎全是兼职人员，性能测定依靠参加企业的场内测定，其真实性得不到保障，致使种猪场对其他场的数据不信任，遗传联系的建立和跨场选择也就没有了基础。需要有专门的独立机构、人员参与种猪场的场内测定。
联合育种在我国还有很长的路要走，一些基础问题没有解决以前，很难有大的突破。
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