畜禽疫病防控将面临全新挑战
进入21世纪以来，随着全球化趋势和城镇化进程的加快，肉类逐渐取代谷物成为人类食品的主要需求。这一需求使得集约化高密度养殖技术和规模化养殖场出现并快速发展。但由于集中饲养的畜禽数量多、遗传背景高度相似，使得疫病病原体一旦感染后，容易迅速变异并进化出毒力较强的毒株，因而加大了疫病风险。部分科学家预测，这将加速导致人类社会第三次重大流行病学转变的出现，即：产生新的重大传染病、特别是人畜共患病；同时，旧有被消灭的传染性疾病将再次流行。事实上，据初步统计，近10年全球已出现新型畜禽疫病达35种，其中多数疫病已在我国发现；而近二十年来的人类新发疾病中，至少70%来自于动物或动物源性食品。而一些原本得到良好控制的动物疫病也多次爆发（例如：英国2001年、日本2000年、2010年；韩国2010-2011年），仅在这些地区造成的直接经济损失就高达250亿美国。而据粗略估计，我国内地每年因畜禽疫病造成的损失也高达260亿元以上。因此，无论从公共卫生安全，还是从行业生产的角度来看，动物疫病防治形势已经相当严峻。
猪病诊断—高通量测序技术与传统检测技术有什么区别?
当前畜禽疫病的复杂性和传统检测技术的局限性
当前，动物疫情的复杂性主要表现在：
① 疫病种类越来越多，病原体变异型增多、变异加快，耐药菌株及超强毒株不断出现；
② 继发感染、混合感染、隐性感染十分普遍，常见由两种及更多的病原对同一动物协同致病，如猪瘟与伪狂犬病病毒或细小病毒等；
③ 长期用药不合理、滥用抗生素和含抗菌药物的饲料，导致细菌性传染病原的抗药性越来越严重，常见细菌病如大肠杆菌病等防控难度增大；
④ 非典型（亚临床）感染病例增多，流行特点、临床症状、病理变化即不明显又不典型，诊断难度增大；
⑤ 某些病毒、细菌、寄生虫感染等原因引起的免疫抑制，使机体降低或丧失对疫苗免疫有的效应答能力，造成免疫失败等。
传染动物疫病监测体系主要包括症状观察、基于显微镜检查和病原扩大培养的检测、基于病原体或者宿主的免疫反应的抗原抗体反应，以及核酸扩增技术等方法。但这些技术体系高度依赖于病原体与疫病之间的已知因果关系。病原体特别是病毒病原体的突变速度极快，难以被已知PCR引物体所捕获。而现在的研究显示，即使是序列高度相似的病毒株，其编码蛋白的抗原表位也能够差异大到不能够被同一抗体识别。因此，这一体系在应对当下的挑战时，面临灵敏度不高、反应不及时、成本高、无法识别未知病原、病原突变体以及混合感染等诸多困难。
猪病诊断—高通量测序技术与传统检测技术有什么区别?
高通量测序技术在猪病风险筛查中的应用
当前我国猪病流行的新形势及突发猪病的潜在威胁，为高通量测序技术应用于猪病检测提供了现实的需求，高通量测序技术通过取样方式、测序前的样本处理、测序后的数据解读方面进行了大量的开发，并结合液滴微流控（Droplet Microfluidics）、数字PCR扩增、高通量荧光分选(FADS)等多项前沿技术，来提升测序样品品质，降低测序成本，实现高灵敏度、特异性动物疫病诊断，推出了针对畜食大群体实现百分之百覆盖、低成本的体检。
高通量测序技术可检测到上百种病原微生物在畜食群体中的存在当量，据此判断出该养殖规模下全部病原体的风险级别。如果养殖场的养殖数量在某种病原体的风险级别之上时，该种病原体便有很大可能会对畜禽健康造成严重危害。比如，某养殖场年出栏生猪头数是1200头，如果检测结果为猪瘟病毒、蓝耳病病毒、细小病毒的警戒级别分别是百级风险、千级风险、万级风险，据此可知，猪瘟病毒和蓝耳病病毒很可能会对该养殖场产生严重危害，而细小病毒产生危害的可能性很低，养殖场需要尽快采取相应措施，预防猪瘟和蓝耳病，而不必为细小病毒的发病担忧。
高通量测序技术还可以检测胃肠道菌群中与腹泻相关的菌群及其整体多样性，其中肠道内致病菌和益生菌在全体菌群中所占比例指标非常重要，进而综合评估后推断得出肠道健康水平和腹泻指数。胃肠道内菌群对于维持机体免疫系统的平衡具有重要作用。据此可以推断出与自体免疫相关关节炎的易感性。同样，由于胃肠道菌群的平衡对于新生儿的免疫发育至关重要，所以特别是仔猪的胃肠道菌群信息，可以协助推断出呼吸系统疾病，比如呼吸道炎症以及哮喘的风险。
猪病诊断—高通量测序技术与传统检测技术有什么区别?
在猪场实践中，高通量测序技术有如如下特点
1、所取样本量少，且无需采血，对猪的刺激性小，特别适合猪场进行100%检测；
2、检测灵敏度高，在未出现临床症状之前即可检测到病原体的含量；
3、每头猪的检测费用相对传统技术要低；
4、操作简单，并且养殖场可节省大量的检测设备购置费用和人员费用。
高通量测序技术在猪病的检测应用中，可以极大地提高我们对临床猪病感染和未知病原的全面认识，诊断水平将会大量提升，高通量测序技术的研究开发，将会对猪病检测诊断带来进一步创新性的发展。
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作为一名兽医我有义务告诉大家猪病诊断的误区，以减少养殖户损失
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