首先要临床观察。可以通过临床表现和生产性能的变化来判断猪场的发病情况。其次，通过大体病例、组织病理变化鉴定。然而最终确诊还是要检测到病原。猪场可关注一些病毒性病原的检测，如CSFV、PRRSV、PRV、SIV等。还要关注病毒是来自于疫苗还是来自于野毒，是经典的还是变异的？
另外，也可从血清学诊断和评估。例如：下图（图5）为某猪场的伪狂犬病野毒抗体变化图。从此图中可以反映出，该猪场在肥猪阶段阳性率为0，其是伪狂犬稳定场。因此，若此猪场发生猪呼吸道综合征则不可能是伪狂犬的因素。
通过临床观察、大体病理、组织病理变化、原发性病原的检测、血清学诊断和评估、评估环境、管理因素等可判断主要病原。
PRDC的控制
控制PRDC的主要思路是：控制原发性疾病；合理控制继发性细菌病；改善和纠正管理、环境；合理营养方案。
蓝耳病控制措施：1、做好猪场的生物安全防控工作；2、合理的蓝耳病免疫策略；3、饲养管理的优化：后备母猪隔离训化，种猪进行分胎饲养等。蓝耳病净化措施主要有：检测和淘汰；封群；清群和减群。即不从外面引后背母猪，自己也不留后备母猪，一般封群210天以上，则可使本来阳性的猪群变成阴性。
伪狂犬病控制措施：养殖户一定要重视伪狂犬病。2011年，华北、河南很明显有伪狂犬抬头的趋势。据反映，很多已经免疫的猪场，一年免疫3-4次，仍然发生伪狂犬病，母猪出现流产、育肥猪临床问题。由于现在流行的伪狂犬毒株发生了变异，用现在的疫苗不能对近期的流行毒产生很好的保护。出现虽然有很高的抗体阳性率，但是仍然会感染的现象。我们要加强肥猪的免疫。如果猪场是阴性场，若不注重育肥猪的免疫，则肥猪很快会转阳。因此，发病之前，要加强肥猪免疫，即10周龄一定要进行一次免疫。但发病以后，要强化母猪的免疫，保护仔猪。免疫程序：公猪，间隔3-4个月，免疫1次；母猪，跟胎，或间隔3-4月免疫1次。仔猪（肥猪高阳性率场），1-3日龄滴鼻，5-8周龄和10-12周龄各免疫1次，或视感染情况调整。
支原体肺炎的控制措施：进行早期免疫，阻断早期感染。对于新母猪要打疫苗，提供长期保护。支原体疫苗两针免疫效果较确实。
波氏杆菌的控制措施：早期免疫，只免疫母猪即可，配合早期保健。
圆环病毒病的控制措施：圆环病毒不等于圆环病毒病。PCV2单独不足以启动PCVAD，应有X因子协同。其中X因子包括很多方面：环境，如温度、卫生、大圈、圈舍设计；管理，如转圈、猪源复杂、单元内猪龄差大、寄养、密度大、免疫应激；营养，如开口料没有添加血浆；疾病，如PRRSV、PPV、MHP、E.coli、寄生虫和其他细菌病。
好的饲养管理主要有四条：限制猪只之间的接触，减少应激；好的卫生；好的营养。这些措施的有效实施会极大的有利于控制PCVAD。
有效免疫和保健，控制相关合并感染。合并感染在PCVAD中占据重要角色。做好猪肺炎支原体、萎鼻、伪狂犬等原发疾病进行合理免疫。PCV2疫苗不能完全阻止感染，但是免疫后猪如果再感染可以减少血清中载病毒量的70%，改善了生产性能，减少PCVAD的发生。
改善和纠正管理、环境也很重要。执行严格的生物安全；严格全进全出（场、舍、单元），不同批次之间，彻底清洗、消毒；避免混群，只在有必要时，才移动猪；检查猪群内、群内密度；考虑必要的免疫计划，MH/PRRS/PCV2/SI；每天追踪温度，避免温差大（±2℃）；控制设备和通风，湿度在70以下；避免氨气浓度大于50ppm；执行驱虫合理方案，减少蛔虫蚴移行。