亚单位疫苗（subunit vaccine）是去除病原体中与激发保护性免疫无关的甚至有害的成分，保留有效免疫原成分制成的疫苗。例如无细胞百日咳疫苗则提取百日咳杆菌的丝状血凝素（FHA）等保护性抗原成分制成，其内毒素含量仅为全菌体疫苗的1/2000，副作用明显减少而保护作用相同。又如提取细菌多糖成分制成的脑膜炎球菌、肺炎球菌多糖疫苗，以及流感病毒血凝素/神经氨酸酶亚单位疫苗。
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